Valitettavasti vuoden 1972 Münchenin olympialaisista ei tullut tunnetuksi järjestäjien tai urheilijoiden ansioita. Silloin tapahtui terrori-isku, josta tuli yksi kauheimmista tapahtumista, joka koskaan pimensi olympialaisia.
Münchenissä syyskuussa 1972 pidetyistä XX olympialaisista tuli surullisia Israelin valtuuskuntaan kohdistuneesta palestiinalaisista. KOK, kuten Saksan viranomaiset, tiesi hyvin, että olympialaisissa tapahtuisi terrori-isku, ja analyytikot ennustivat jopa 26 mahdollista skenaariota sen pitämiselle, jotta tapahtuman järjestäjät voisivat mukauttaa toimintaansa ja tarjota suojaa olympialaisten asukkaille Kylä. Valitettavasti tarvittavia toimenpiteitä ei kuitenkaan koskaan toteutettu.
Osa terrori-iskun syystä oli Palestiinan nuorisoliiton osallistumisen kieltäminen XX olympialaisissa. Musta lokakuu -ryhmän tarkoituksena oli tarttua Israelin urheiluvaltuuskunnan edustajiin myöhemmin panttivankien vaihtamiseksi palestiinalaisten terroristeihin, jotka olivat tuolloin vankiloissa. Lisäksi heidän suunnitelmiinsa sisältyi useiden urheilijoiden murha, mikä antaisi lisäpaineita Israelin viranomaisille eikä samalla liittyisi tarpeeseen käsitellä suoraan poliitikkoja itse, joihin oli paljon vaikeampaa päästä.
Varhain aamulla 5. syyskuuta kahdeksan harjoittelupuvussa varustettua terroristia ja reppuineen täynnä aseita saapui olympiakylän alueelle. Heidät huomattiin, mutta kylässä olleet ihmiset päättivät olla urheilijoita. Saavuttuaan rakennukseen, jossa israelilaiset asuivat, terroristit ryntäsivät sisälle, ampuivat kaksi urheilijaa ja ottivat yhdeksän ihmistä panttivangiksi. Neuvottelujen ja panttivankien vapauttamisen johtajien heikko pätevyys ja heikko ammattikoulutus saivat kaikki vangitut 9 urheilijaa kuolemaan, kun kolme terroristia selvisi, ja myöhemmin Saksan viranomaiset vapauttivat heidät. Helikopterin ohjaaja ja yksi poliisi olivat myös hyökkäyksen uhreja.
Vuonna 1972 KOK päätti ensimmäisen kerran yhden päivän tauon peleissä. Monet urheilijat ja vieraat lähtivät Münchenistä peläten henkensä. Israelilaisilta evättiin elossa olevien terroristien Samir Mohammed Abdullahin, Abdel Khair Al Dnaouin ja Ibrahim Masood Badranin oikeudenkäynti. Saksan viranomaisten maine pilaantui toivottomasti, eivätkä he onnistuneet puhdistumaan pian Münchenin häpeästä. Myöhemmin Saksassa luotiin erityinen terrorismin vastainen yksikkö, jonka ansiosta panttivankien vapauttamiseen tähtäävien sotatoimien suorittaminen onnistui paremmin kuin vuonna 1972.
